Au moment de la construction, les fouilles archéologiques menées par les services départementaux à l’occasion de la suppression des deux édicules extérieurs à l’édifice qui abritaient le chauffage et une partie de la sacristie ont permis de mettre au jour plusieurs sépultures de corps ensevelis dans des cercueils dont la décoration est assurément d’époque mérovingienne (contemporains de la reine Bathilde, VIIème siècle).

L’inhumation laisse penser que les rites chrétiens étaient connus et donc nous pouvons faire remonter à cette époque aussi bien la situation de la « chapelle » ou de « l’église » primitive que la communauté chrétienne.

L’abbé Lebeuf dans son Histoire du Diocèse de Paris (1752) pensait d’ailleurs que le nom de l’église Saint Baudile qu’il avait visitée pouvait être antérieur à sa construction. Jacques de Vitry parle d’une « église en ruines » au temps de Foulques, que ce prêtre aurait détruite promettant à ses fidèles de la reconstruire. Mais nous ne pouvons préciser davantage, sinon que les documents de l’époque mentionnent une trentaine de « feux » (familles, foyers) installés à Neuilly.
Les sarcophages en plâtre (d’Avron, certainement) qui ont été exhumés sont actuellement en cours d’analyse dans les laboratoires du Service départemental d’archéologie à Epinay sur Seine.

L’évolution

La suppression du tombeau de Foulques, devant le maître-autel qui gênait les offices, par le curé François Campigny (vers 1775) et son remplacement par une dalle tumulaire, il ne reste plus qu’une gravure accompagnant l’ouvrage de l’abbé Lebeuf pour illustrer la description très complète qu’il en fit) L’installation par le curé Jean-baptiste Charasson en 1900 de la mosaïque qui orne le tympan du porche, remplaçant une peinture sur le même sujet du « Christ bénissant » et par le même, le carrelage de l’église, qui fit disparaître toutes les tombes des hommes d’Eglise qui s’étaient fait enterrer à l’intérieur de l’édifice ; non pas seulement les anciens prêtres mais aussi des Parisiens comme ce chanoine Pierre, surnommé « Pain-et-Chair » pour sa dévotion à l’Eucharistie, qui fut l’un des derniers à avoir bénéficié de cette inhumation auprès de Foulques on rapporte que les bœufs qui devaient conduire sa dépouille de Paris à Neuilly firent eux-mêmes le voyage sans guide et s’arrêtèrent devant le porche de l’église.

Il reste des ossements réunis, par les soins de l’abbé Charasson, sur le bas-coté gauche. Mais les inscriptions tumulaires, s’il y en avait, ont disparu.
Le cimetière était situé à l’origine autour de l’Eglise. Quand la population commença à croître, il fut transféré vers 1865 à son emplacement actuel, alors en rase campagne, sur des terres offertes par les héritiers du général Donzelot. La terre bénite autour de l’église cessa alors de recevoir les corps des fidèles, et accueillit le marché jusqu’en 1932.